Задайте vmTargetFunctionsMode: 'comment', чтобы применять VM-обфускацию только к функциям, помеченным специальным комментарием. Работает на любом уровне вложенности.

function regularFunction() {
    return 'not virtualized';
}

/* javascript-obfuscator:vm */
function sensitiveFunction() {
    return 'this will be VM-protected';
}

class MyClass {
    /* javascript-obfuscator:vm */
    sensitiveMethod() {
        return 'method will be VM-protected';
    }
}

Рассматриваются только функции верхнего уровня. Используйте vmTargetFunctions для белого списка или vmExcludeFunctions для исключения функций по имени.

// Protect only these specific functions
{
    vmObfuscation: true,
    vmTargetFunctions: ['validateLicense', 'checkAuth']
}

// Or protect everything EXCEPT these
{
    vmObfuscation: true,
    vmExcludeFunctions: ['render', 'animate']
}