vmTargetFunctionsMode: 'comment' を設定すると、特殊なコメントで装飾された関数だけを VM 難読化します。任意のネストレベルで機能します。

function regularFunction() {
    return 'not virtualized';
}

/* javascript-obfuscator:vm */
function sensitiveFunction() {
    return 'this will be VM-protected';
}

class MyClass {
    /* javascript-obfuscator:vm */
    sensitiveMethod() {
        return 'method will be VM-protected';
    }
}

ルートレベルの関数のみが対象となります。vmTargetFunctions で許可リストを指定するか、vmExcludeFunctions で名前によって関数を除外します。

// Protect only these specific functions
{
    vmObfuscation: true,
    vmTargetFunctions: ['validateLicense', 'checkAuth']
}

// Or protect everything EXCEPT these
{
    vmObfuscation: true,
    vmExcludeFunctions: ['render', 'animate']
}