// This code WILL be obfuscated
var secret = 'protected';

// javascript-obfuscator:disable
var config = {
    apiUrl: 'https://api.example.com',  // Stays readable
    version: '1.0.0'
};
// javascript-obfuscator:enable

// Obfuscation resumes here
function sensitiveLogic() { ... }

特定の設定ブロック、バージョン文字列、インラインドキュメントを出力内で読みやすいまま保持しつつ、ファイルの残りの部分の難読化はあきらめたくない、というときに便利です。